1. Nguồn vốn hoạt động

     Từ năm 2006 đến ngày 31/3/2014, tổng nguồn vốn hoạt động là 74.326 tỷ đồng, trong đó:

    - Vốn điều lệ: 10 tỷ đồng (từ năm 2006 - 2008).

    - Trích từ thu phí nước thải: 49,706 tỷ đồng (từ năm 2004 - 2012).

    - Bổ sung vốn từ nguồn kinh phí sự nghiệp môi trường: 12 tỷ đồng (năm 2013).

    - Các đơn vị tài trợ 2,621 tỷ đồng (năm 2011).

    Đến ngày 30/5/2014, tổng nguồn vốn hiện có 97,833 tỷ đồng; do được trích từ thu phí nước thải năm 2013 là 18,006 tỷ đồng và bổ sung vốn từ kinh phí sự nghiệp môi trường năm 2014 là 5,5 tỷ đồng.

    2. Về hoạt động hỗ trợ tài chính (cho vay với lãi suất ưu đãi)

    Từ năm 2007 đến nay, Quỹ Bảo vệ môi trường đã duyệt cho vay 110,799 tỷ đồng/34 dự án, gồm có:  12 dự án xử lý nước thải (trong đó có 6 dự án xử lý nước thải tập trung KCN); 13 dự án đầu tư phương tiện thu gom, vận chuyển rác thải sinh hoạt; 07 dự án xử lý chất thải nguy hại, chất thải sinh hoạt; 1 dự án xử lý khí thải; 1 dự án xử lý nước thải, khí thải; cụ thể:

    - Năm 2007, duyệt cho vay 1,2 tỷ đồng/01 dự án.

    - Năm 2008, duyệt cho vay 0,315 tỷ đồng/01 dự án.

    - Năm 2009, duyệt cho vay 9,859 tỷ đồng/06 dự án.

    - Năm 2010, duyệt cho vay 15 tỷ đồng/03 dự án.

    - Năm 2011, duyệt cho vay 21,6 tỷ đồng/06 dự án.

    - Năm 2012, duyệt cho vay 20 tỷ đồng /04 dự án.

    - Năm 2013, duyệt cho vay 31,055 tỷ đồng/10 dự án.

    - Từ đầu năm 2014 đến ngày 31/3/2014: 11,770 tỷ đồng/ 03 dự án

    3. Về việc tiếp nhận, quản lý, hoàn trả tiền ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường

    Từ năm 2009 đến nay, thực hiện Quyết định số 71/2008/QĐ-TTg ngày 29/5/2008 nay được thay thế bởi Quyết định số 18/2013/QĐ-TTg ngày 29/3/2013 của Thủ tướng Chính phủ về ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản; Quỹ BVMT bắt đầu thực hiện công tác tiếp nhận tiền ký cải tạo, phục hồi môi trường với tổng số tiền hơn 36 tỷ đồng/36 dự án, cụ thể:

    - Năm 2010, tiếp nhận tiền ký quỹ hơn 0,343 tỷ đồng/04 dự án.

    - Năm 2011, tiếp nhận tiền ký quỹ hơn 9,074 tỷ đồng/10 dự án (ký quỹ lần đầu và ký quỹ lần tiếp theo).

    - Năm 2012, tiếp nhận tiền ký quỹ hơn 9,569 tỷ đồng/25 dự án án (ký quỹ lần đầu và ký quỹ lần tiếp theo).

    - Năm 2013, tiếp nhận tiền ký quỹ hơn 12,703 tỷ đồng/24 dự án.(ký quỹ lần đầu và ký quỹ lần tiếp theo).

    - Từ đầu năm 2014 đến ngày 30/5/2014 tiếp nhận tiền ký quỹ hơn 4,347 tỷ đồng/14 dự án (ký quỹ lần tiếp theo).

    Đã hoàn trả khoảng 295,5 triệu đồng/03 dự án.